［カラー設定］は、「RGB画像」を「CMYK画像」 に変換するときなどに、CMYKの配合をどのように調整するかを決定する機能です。
InDesignの［カラー設定］ダイアログは、ヘッドメニュー［編集→カラー設定］で表示させます。
下の図が［カラー設定］ダイアログです。デフォルトでは、設定が［一般用-日本2］になっていますが、それを下の図の赤枠内のように［プリプレス用-日本2］に変更します。

使用するアプリケーション（InDesign、Illustrator、Photoshopなど）の［カラー設定］は、すべて同じ設定にして、色調を統一しておく必要があります。同じ設定になっていない場合は、カラー設定をしたときに、下の図のように「未同期」という警告が表示されます。

しかし、アプリケーションごとに設定するのは面倒ですし、まちがいも起こりやすくなります。ですので、AdobeBridgeを使っている場合は、Bridgeで設定してください。
InDesign、Illustrator、Photoshopの［カラー設定］を同じ設定にすることができます。
設定は、まずBridgeを起動して、ヘッドメニュー［編集→CreativeSuiteのカラー設定］をクリックします。下の図のような［Suiteのカラー設定］というダイアログが表示されるので、 ［プリプレス用-日本2］を選択して、［適用］ をクリックします。これで終了です。

画像に透明効果が使用されているドキュメントをPDFに書き出すとき、InDesignは「CMYK」 または「RGB」のプロファイルに基づいて、カラースペースを合成します。
［透明ブレンド領域の設定］は、この合成する画像を「CMYK」を基準にするのか、「RGB」を基準にするのかを設定する機能です。
通常は［ドキュメントのCMYK領域を使用］に設定しておきます。

インキ総量とは、オフセット印刷のCMYK各版のインキ量を合計した量で、CMYKそれぞれを100% に設定した場合、インキ総量がトータルで400%になります。しかし、トータル400%で印刷すると 「裏うつり」の危険性が高くなります。ですので、一般的にインキ総量は、350%〜300%以下が望まれます。新聞の輪転印刷機の場合は、インキ総量240％以下にするよう制限されることもあります。
インキ総量は、InDesignの場合、以下の方法で制限することができます。
「ウィンドウ→出力→分版］で［分版パネル］を表示させます。そのパネルの［表示］の横にある三角形をクリックして、［インキ限定］を選択します。［インキ限定］の横にあるパーセンテージの三角形をクリックして、限定するパーセントを設定します。
限定したパーセント以上の箇所が赤く表示され、 それ以外がグレーで表示されます。
［分版パネル］を閉じると、元の色に戻ります。